יש כמה סיבות:
1)תעודת סל מחויבת תשקיפית להיצמד למחיר מדד הייחוס בניכוי העמלות.
2) תעודת סל מתעדכנת אחת לתקופה ולכן לא תמיד דומה למדד. למרות שלאורך זמן זה צריך להתיישר.
3) תעודת סל מושפעת מהסחירות שלה, כלומר אם המדד יעלה היום אחוז והרבה יקנו את תעודת הסל יתכן והיא תעלה גם 2% אם יש מי שמוכן לקנות.
4) הרבה תעודות סל שמחכות את המדד בוחרות אחוז מסויים לכל מנייה לפעמים שונה מהמשקל במדד עצמו ולכן יש הבדל לאורך זמן כמו שראית.

דוג מדד יתר לפי הבורסה:
http://www.tase.co.il/TASE/MarketData/I ... ndexId=163
מדד לפי תעודת סל (תסתקל על כל מניה ותראה שהאחוזים קצת שונים)
http://www.ksmc.co.il/Index_Overview.asp?IndexID=38