לעיתים יתכנו הבדלים טכניים בין מחיר המדד לבין מחיר תעודת הסל. הבדלים אלו יתכנו ממספר סיבות כאשר העיקרית היא שיטת הנעילה.

כיוון שמחיר ני"ע (תעודת סל / מניה וכו') מחושב בנעילה על פי ממוצע עסקאות, יתכנו מצבים בהם מחיר המדד יהיה שונה ממחיר התעודה.
נניח מצב שבמהלך היום מדד הבנקים נסחר בעליה של 1.5% וכמוהו גם תעודת הסל.
בשלב הנעילה מגיעים ביקושים גדולים שמעלים את המדד ל- 2%.
בעוד בתעודה לא התקבלו ביקושים בשלב הנעילה מחיר התעודה בנעילה, עדיין יהיה 1.5%. מחיר זה יתאזן למחרת ברגע שתתבצע העסקה הראשונה בתעודה.
התוצאה היא פשוטה: יתכנו הבדלים מבחינת אחוזי העליה של תעודת הסל והמדד, אבל מי שרצה למכור/לקנות, יכל לעשות זאת תמיד במחיר המתאים בשלב הרצף.

על כן בעת קנית/מכירת תעודת סל יש לבדוק מה מחיר נכס הבסיס המגולם במחיר התעודה.